Die Mitglieder der gynécologie suisse sind in regionalen oder kantonalen Sektionen sowie in beruflichen und in fachlichen Gruppierungen organisiert. Einmal jährlich findet die ordentliche Mitgliederversammlung statt. Die VertreterInnen der regionalen bzw. kantonalen Gruppierungen, die PräsidentInnen der Arbeitsgemeinschaften, der/die PräsidentIn der Chefärztekonferenz und die Vorstandmitglieder bilden die Planungskonferenz, das strategische Koordinationsorgan mit eigenen Entscheidungskompetenzen. Zusätzlich verfügt gynécologie suisse über einen wissenschaftlichen Beirat als konsultatives Gremium, der die Arbeitsgemeinschaften umfasst. Der Vorstand bildet das operative Gremium und setzt sich aus dem/der PräsidentIn, dem/der VizepräsidentIn, dem/der PastpräsidentIn, dem/der KassiererIn, einer Vertretung des Jungen Forums und den Departementsvorstehern zusammen. Er umfasst 9 bis 13 Mitglieder. Für alle administrativen Aufgaben verfügt gynécologie suisse über ein zentrales Sekretariat unter der Leitung des Generalsekretärs.